El propósito de este práctico es aplicar un flujo de trabajo completo de detección de variantes en exoma (WES) a un caso clínico real, con el objetivo de comprender cómo cada etapa del pipeline contribuye al diagnóstico genético. A lo largo del ejercicio, seguiremos el recorrido de los datos desde los archivos FASTQ hasta la identificación e interpretación de las variantes candidatas.
A partir de ahora comenzamos a trabajar sobre un caso clínico real, que nos servirá de hilo conductor para todo el análisis bioinformático.
Nos encontramos frente al caso de un niño de 3 años con un desarrollo que desde los primeros meses llamó la atención del equipo médico.
Fue prematuro de 32 semanas, y aunque inicialmente se pensó que sus dificultades motrices podían deberse a la prematurez, con el tiempo se evidenció una hipotonía persistente, retraso en el desarrollo motor y epilepsia de inicio temprano.
Presenta además rasgos dismórficos leves (hipertelorismo, paladar alto, orejas de implantación baja) y estudios de neuroimagen que muestran hipoplasia de cuerpo calloso y de puente.
Los estudios metabólicos y cromosómicos convencionales fueron normales, y los análisis genéticos iniciales (como un panel de Rasopatías) no brindaron una respuesta definitiva.
Frente a este escenario, el equipo médico decidió realizar una secuenciación del exoma completo (WES) con el objetivo de identificar una posible causa genética subyacente.
Se ha secuenciado el exoma completo del paciente, y contamos con los archivos FASTQ (paired end) que contienen los reads obtenidos:
sample22_1.fastqysample22_2.fastqAhora es momento de comenzar a analizarlos, paso a paso, para intentar dar una respuesta genómica al cuadro clínico del paciente de estudio.
¡A por ello!
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A lo largo del práctico van a encontrar distintos tipos de bloques marcados con estos íconos para orientar sobre qué hacer en cada paso.